1696年

正月　下诏亲征噶尔丹。于西苑蕉园设内监官学，以敕授太监读书。

二月　康熙帝亲统六师启行，征噶尔丹。命皇太子留守，凡部院章奏听皇太子处理。妃赫舍里氏逝，追赠平妃。

五月　侦知噶尔丹所在，康熙帝率前锋先发，诸军张两翼而进。前哨中书阿必达探报噶尔丹闻知皇上亲率大军而来，惊惧逃遁。康熙帝率轻骑追击。上书皇太后，备陈军况，并约期回京。康熙帝追至拖纳阿林而还，命内大臣马思喀追之。康熙帝班师。抚远大将军费扬古大败噶尔丹于昭莫多（今蒙古人民共和国乌兰巴托东南），斩首三千，阵斩其妻阿奴。噶尔丹以数骑逃遁。

七月　以平定朔漠勒石于太学。

十月　大将军费扬古献俘至。

十一月　噶尔丹遣使乞降，其使格垒沽英至，盖微探康熙帝的旨意。康熙帝告之说：“俟尔七十日，过此即进兵。”